Vanhimmat dokumentit suomalaisesta juustonvalmistuksesta löytyvät historioitsija Olaus Magnuksen kirjasta vuodelta 1550. Hän kuvailee pohjoismaisten kansojen historiaa ja juustonvalmistuksen merkitystä suomalaisille. ”Maukkaimmat juustot olivat suomalaisilla. Ne olivat tehty vuohenmaidosta ja usein niitä savustettiin, jotta saatiin makua lisää ja ne säilyivät paremmin.”
Juustoa valmistettiin yleisesti karjatalousalueilla keväästä syksyyn. Osa veroista niin kirkolle kuin valtiolle maksettiin juustokymmenyksinä. Piimäjuustot olivat arkiruokaa ja munajuustot juhlaruokaa. Varsinais-Suomi ja Satakunta olivat kuuluisia kutunjuustoistaan.
Ahvenanmaalla, Uudellamaalla, Varsinais-Suomessa, Satakunnassa ja Hämeessä tehtiin tuoreena syötäviä kehäjuustoja eli juustot puristettiin puisissa juustomuoteissa. Tulen loisteessa paahdetut tuorejuustot olivat tyypillisiä Etelä-Pohjanmaalta Tornionjokilaaksoon ja Kainuusta Lapin perukoille. Lapissa valmistettiin juustoja myös poronmaidosta.
Teollisen juustonvalmistuksen alkamisena pidetään Suomessa vuotta 1856. Silloin sveitsiläinen juustomestari Rudolph Klostner aloitti juustonvalmistuksen Sippolan kartanossa. Sippolan sveitsinjuustot saivat hyvän maineen ja voittivat mitalin Moskovan maanviljelys- ja maamiesteollisuustuotteiden näyttelyssä 1864.
Suomeen saapui runsaasti (yli 160) sveitsiläisiä juustomestareita, jotka myivät juustoja Pietarin ja Moskovan markkinoille. Suomen suuriruhtinaskunnan tullit Venäjälle olivat pienemmät verrattuna muuhun Eurooppaan. Yksityisiä juustoloita oli yli 230 runsas sata vuotta sitten ja suurin osa niistä oli emmentaljuuston valmistajia. Sveitsiläiset toivat mukanaan korkean laatuvaatimustason ja ammattitaidon.
Osuusmeijeritoiminnan käynnistyttyä 1900-luvun alussa myös osuusmeijerit alkoivat valmistaa juustoja. Ensimmäinen tällainen emmentalia valmistava osuusmeijeri oli Joensuun ympäristön osuusmeijeri. Aluksi Valio sekä sittemmin valtio alkoivat kouluttaa uusia juustomestareita.
Suomen juustonvalmistus kärsi sotien aikana ja juuston kulutus oli sotien jälkeen vain 1 kg / henkilö ja juuston tuotanto n. 11 milj. kg/vuosi. Juuston tuotanto lähti kuitenkin nopeasti kasvuun ja 1975 tuotanto oli jo 56 milj.kg/v.
Juustotuotanto siirtyi Etelä-Suomesta itään ja pohjoiseen 1960-luvulla. Tämä johtui jatkuvasti kasvavasta kulutusmaidon kysynnästä Etelä-Suomessa; maitoa ei riittänyt enää juustoon. 1960-luvulle asti päätuote valmistuksessa oli emmental ja vasta silloin muiden juustojen tuotanto kasvoi ja tärkeimmäksi tuotteeksi nousivat edamjuustot.
Juuston tuotanto on kasvanut vuoteen 2010 asti, jolloin tuotanto oli huipussaan 107 milj.kg. Tällöin vientiin toimitettiin 51 milj.kg.